清康熙年间，忠臣何大人被将军杞献唐陷害，全家抄斩，只有其妻及女玉凤（黄杏秀）逃脱。玉凤为救其父，勇闯法场，连杀十三刀斧手，但终不敌受伤，被九难师太（李琳琳）救走。玉凤因此而得名“十三妹”。另一忠臣安大人也遭抄家之祸，只有其子安骥（汤镇业）逃出生天。安骥与玉凤自小青梅竹马，二人于是结伴逃亡。众人路上巧 遇逃婚之玉格格，九难师太洞悉格格乃康熙之胞妹，欲藉此行刺康熙。玉格格不懂世情，不知身份已被悉穿，反而爱上女扮男装之玉凤，弄得一场笑话。及后名医李妙生（任达华）之出现，玉格格才将爱意转于妙生身上